Während sich Genotypen in ihrer Erbsubstanz unterscheiden, lassen sich Biotypen anhand phänotypischer Merkmale identifizieren. BVDV tritt in zwei verschiedenen Biotypen auf: als cytopathogenes Virus (cp BVDV), welches die Zellen einer Zellkultur schädigt (Vakuolisierung und Lyse) und als nicht-cytopathogenes Virus (ncp BVDV), welches nicht zellschädigend ist. ncp BVDV ist in der Natur häufiger und für den Großteil der BVD-bedingten Schäden verantwortlich. Während ncp BVDV ein Nichtstrukturprotein NS23 aufweist, liegt selbiges Protein bei cp BVDV getrennt als NS2 und NS3 vor. NS3 gilt als Markerprotein für cp BVDV.

Da ncp BVDV regelmäßig bei akuten Infektionen isoliert wird (man geht davon aus, dass bei etwa 90% aller symptomatisch verlaufenden akuten Infektionen ncp BVDV im Spiel ist) und persistente Infektionen verursacht, das cp BVDV dagegen v.a. bei der tödlich verlaufenden Mucosal Disease nachgewiesen wird, ging man lange davon aus, dass nicht-cytopathogene Erreger lediglich mildere Erkrankungen auszulösen vermögen. Es zeigte sich jedoch bald, dass vom vorliegenden Biotyp nicht auf die Virulenz des Erregers geschlossen werden kann. Spätestens mit dem Auftreten von “Severe Acute BVD” (ncp BVDV II) Anfang der 90er Jahre wurde diese Annahme widerlegt. Es existieren vielmehr sowohl bei ncp als auch bei cp BVDV milde und hochaggressive Stämme (alle hochvirulenten BVDV II sind nicht-cytopathogen). cp Viren können durch Mutation (genetische Rekombination) aus ncp Viren hervorgehen, das neu entstandene cp Virus ist antigenetisch identisch mit dem zugrundeliegenden ncp Virus (dieser Umstand ist bei der Entstehung von Mucosal Disease relevant). Der umgekehrte Fall (Mutation von cp zu ncp) wurde zwar beschrieben [32], ist aber umstritten.