Afin d'avoir une vue d'ensemble de la BVD en tant que maladie, de son origine, de sa propagation et des moyens de la combattre, il est nécessaire de connaître certaines caractéristiques de son agent pathogène. Le virus BVD appartient au genre Pestivirus. Comparer aux autres espèces de virus ils sont nettement plus petits. Les virus de la peste porcine classique et de la maladie de Border des ovins sont deux agents pathogènes connus qui figurent parmi les virus apparentés à celui de la BVD. Le virus BVD ne représente aucun danger pour l'être humain, celui-ci peut toutefois servir de vecteur de transmission de la maladie d'un animal à un autre. On classe les virus BVD suivant leur génotype et leur biotype:

• Génotypes: on connaît à l'heure actuelle deux génotypes pour le virus BVD (BVDV 1 et BVDV 2). Ils se différencient par l'assemblage de leur génome respectif. BVDV 2 est généralement connu comme engendrant les affections les plus graves, mais des cas mortels de BVDV 1 ont récemment ramené ce type sur le devant de la scène. A ce jour, seuls des virus BVD appartenant au génotype 1 ont été observés en Suisse.
  
  
  
• Biotypes: un virus BVD se classe toujours suivant deux biotypes. Le type cytopathogène (cp) peut détruire les cellules utilisées en laboratoire pour la culture du virus. En revanche, les virus BVD de type non cytopathogènes (ncp) ne détruisent pas les cellules. Le virus BVD ncp joue un rôle essentiel dans la naissance des animaux infectés permanents (IP), le virus BVD cp peut dans certaines circonstances engendrer la Mucosal Disease.

Le virus BVD est inactivé par les désinfectants habituels. Sa résistance en dehors du corps d'un animal est faible. A 37°C, il perd déjà son infectiosité après 4 jours, à 56°C au bout de 45 minutes.