Das BVD Virus wirkt immunsuppressiv und begünstigt so Infektionen mit sekundären oder opportunistischen Erregern. Besonders augenfällig ist etwa das Zusammenwirken von BVDV mit Mannheimia (Pasteurella) haemolytica Typ 1, welches sich in einer schweren, Antibiotika-resistenten Pneumonie äussert [80]. Bei diversen anderen Erkrankungen wird ein verstärkender Effekt von BVDV vermutet: Actinomycose, Stomatitis papulosa, Salmonellenenteritis, E. coli, akute Helminthiasis, Mastitis, Metritis. In vielen Krankheitsfällen wird die Beteiligung von BVDV nicht augenfällig sein, weil BVD-typische Symptome fehlen. Während Immuntoleranz hochspezifisch ist, so ist die Immunsuppression völlig unspezifisch. Wichtige Mechanismen der Immunsuppression sind etwa die in vivo Apoptoseinduktion bei B und T Zellen in lymphoidem Gewebe, die Reduktion der Synthese von MHC II und IL-2 oder die Aktivierung einer T-Helfer 2 Antwort durch ncp BVD [81].